Đơn vị phân loại Nomascus siki lần đầu tiên được Jean Théodore Delacour xác định chính thức vào năm 1951, trong đó ông mô tả siki là một phân loài của loài N. concolor (một loài vào thời điểm đó được đặt trong chi Hylobates). Kể từ khi được mô tả, nó đã được coi là một phân loài của nhiều loài như N. leucogenys, N. gabriellae hoặc N. concolor.[1] Việc chỉ định N. siki là một phân loài của N. gabriellae bắt nguồn từ việc giải thích đối với một xương dương vật duy nhất, nhưng các nghiên cứu sau đó đã chỉ ra rằng mẫu vật này thuộc về một loài khác. Sau đó, nó được chỉ định là phân loài của N. leucogenys do tiếng hót của nó giống với của loài này, cũng như sự tương đồng mạnh mẽ về mặt ngoại hình giữa con cái của hai loài.[7] Tuy nhiên, kể từ năm 2001, Vượn đen Siki đã được coi là một loài riêng biệt.[8]

Khu vực phía bắc phạm vi sinh sống của loài N. siki trùng lặp hoặc xen kẽ với loài N. leucogenys,[1] và dựa trên DNA ty thể và âm thanh chúng tạo ra, hai loài này gần nhau hơn so với các loài thuộc chi Nomascus còn lại; một số người cho rằng N. siki nên được coi là một phân loài của N. leucogenys.[5][6] Một quần thể phía nam trước đây có liên hệ với N. siki đã được mô tả là một loài mới, N. annamensis vào năm 2010.[6]